残疾人就业保障金是根据年度差额人数和上年度本地区职工的年平均工资来计算的。而年度差额人数则是上一年度用人单位未按照规定安排残疾人就业的差距人数。
法律依据：
《财政部关于发布〈残疾人就业保障金管理暂行规定〉的通知》第二条
“保障金”是指在实施分散按比例安排残疾人就业的地区，凡安排残疾人达不到省、自治区、直辖市人民政府规定比例的机关、团体、企业事业单位和城乡集体经济组织，根据地方有关法规的规定，按照年度差额人数和上年度本地区职工年平均工资计算交纳用于残疾人就业的专项资金。保障金”按属地原则交纳，中央部门所属单位按照所在地地方法规的有关规定办理。机关、团体、企业事业单位和城乡集体经济组织，应当按照《中华人民共和国残疾人保障法》的有关规定，积极创造条件，逐步达到规定的安排比。
第三条
企业、城乡集体经济组织交纳的“保障金”从管理费用中列支，机关、切体和事业单位交纳的“保障金”从单位预算经费包干结余或收支结余中列支。
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