一般来说，豆芽并没有太大的毒性。豆芽煮熟后，不会引起中毒。但是，如果食用未完全煮熟的豆芽，则可能会引起中毒症状。豆芽含有黄豆苷元。煮熟的黄豆芽，黄豆苷会分解，不会引起中毒。但是，如果不熟悉，可能会引起恶心、呕吐、腹泻，部分患者还可能出现头晕，这种情况可以使用雷贝拉唑等胃黏膜保护药。
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